治疗原则以全身治疗为主，结合局部处理。
常用药物有：
①盐酸吐根碱(emetini hydrochloridium)，对阿米巴滋养体的杀灭作用最强，但对包囊的作用不肯定，毒性大，对心肾功能不全、年老体弱患者及孕妇等禁用。常用剂量为每天0.06g(1mg/kg)，深部肌肉注射，连续6～9天为1疗程，重复治疗要在20～30天以后;
②卡巴砷，每次0.25g，每日2次，10天为1疗程;
③灭滴灵200～400mg，每日3次，10～14天为1疗程;
④鸦胆子(functus bruceae)对急性阿米巴有效，也可用于慢性患者及带菌者，口服鸦胆子仁10～15粒，每日3次，7天为1疗程。局部治疗：可将上述药物制成溶液作阴道冲洗，或制成粉剂及栓剂置入阴道，每日1次，共7～10天为1疗程。