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人体的免疫系统是一个极为复杂的系统，在维持机体的稳态和健康方面起着重要的作用。免疫系统主要有三大功能，即抵御外来的致病微生物侵袭，清除自身衰老死亡的细胞以及识别并清除突变的细胞，因而是维持机体内环境稳定的必不可少的生理性防御机制。当免疫系统防御功能发生异常，则会导致一系列免疫病理过程，如感染、免疫缺陷、自身免疫性疾病以及肿瘤等的发生，也可能导致生殖过程的障碍。一般自身组织不成为抗原，但在有些情况下也会产生抗体，如感染，经血倒流，烧灼或药物作用等，能使组织细胞中的蛋白质发生质的变性而成为自身抗原，这种物质一旦进入血循环，刺激机体则可产生免疫反应。
抗子宫内膜抗体就属于自身抗体，在正常育龄期女性中也可以检测到，但在不孕症人群中，特别是患有子宫内膜异位症的女性中更多见。正常机体具有自身免疫调节功能，产生极弱的自身抗体，帮助清除体内衰老变性的自身成分，一旦由于某种原因导致免疫系统对自身组织产生过度免疫应答，则会发生过强的一系列免疫反应，致使所侵及的组织免疫活性细胞增多，免疫复合物沉积，而导致功能改变。
当这种抗子宫内膜抗体由于反复刺激而大量产生达到一定的含量时，可与自身的子宫内膜组织发生抗原抗体结合反应，并激活免疫系统引起损伤性效应，造成子宫内膜组织细胞生化代谢及生理功能的损害，干扰和妨碍精卵结合，受精卵的着床和胚囊的发育而导致不孕或流产。但是，这种免疫不孕是相对概念，是指免疫使生育力降低，暂时导致不孕。不孕状态能否持续取决于免疫力与生育力间的相互作用，若免疫力强于生育力，则不孕发生，如后者强于前者则妊娠发生。不孕常有多种因素同时存在，免疫因素也可作为不孕的唯一原因或与其他病因并存。
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