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习惯性流产仅是一种症状，在这种症状的背后隐藏着疾病的根源。黄体功能不全是造成女性习惯性流产的主要原因之一，习惯性流产的女性40％都是因为黄体功能不全引起的。这是造成习惯性流产的原因之一。排卵后有黄体出现，黄体分泌孕激素和雌激素。受孕后，黄体继续维持妊娠4～6个月才开始退化。孕卵在子宫着床后，从卵胚细胞中分化出合体滋养层，合体滋养层分泌物进入母体，使黄体寿命延长，并刺激其合成孕激素，以维持妊娠。
免疫系统功能低是造成女性习惯性流产第二原因。胚胎对母体来说也是异物，因此必然要遭到母体的免疫排异，女性的免疫系统功能低下，胚胎就会被当作异物排出。
遗传基因是习惯性流产的第三个原因。包括：近亲结婚，夫妻双方血缘关系越近，下一代染色体越容易异常，染色体异常的胚胎多不能存活而导致流产。也有的出现畸胎、胎儿发育迟缓，或虽存活但表现为染色体异常的显性遗传，因此国家规定禁止近亲结婚。
其他原因还有女性的子宫发育异常，如双角子宫、鞍状子宫、子宫过小、宫腔粘连、子宫肌瘤等也可造成习惯性流产。习惯性晚期流产常由宫颈内口松弛引起。妊娠中期后，羊水增多，胎儿长大，宫腔内压力增大，宫颈管逐渐缩短、扩张，当压力增大到一定程度时，胎膜突然破裂，导致胎儿排出流产。如果母亲和胎儿之间的血型不合，也会造成习惯性流产，胎儿从父亲那里得到的抗原，进入母体产生抗体，抗体通过胎盘进入胎儿血循环，作用于红细胞，破坏溶血，严重的可使胎儿死亡，导致晚期流产。
除了上述原因外，情绪紧张也会导致习惯性流产。孕妇情绪紧张会使肌体处于一种应激状态，破坏了原来的稳定状态，使体内神经免疫及内分泌发生紊乱，特别是孕激素的改变使正常妊娠发生改变。当人的情绪处于长期紧张状态时，体内孕激素水平降低，胎盘发育不良，这都不利于胎儿发育。况且子宫处于高敏感状态，很轻的刺激就会促使子宫收缩，从而诱发流产。
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