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男性生殖器先天畸形中，有的难以矫正，但也有一些患者，如能及时发现，则可以在儿童时期及早进行手术矫治。一般来说，有的先天性畸形只影响生育力，如单纯性输精管缺如；而有的还可能影响到性功能。有些畸形看上去并不严重，如包茎，但处理不当同样能造成严重后果。
一、睾丸畸形
数量异常：无睾症，单睾丸，多睾丸。
大小异常：睾丸由于发育不全而小于正常者，多非孤立症状。睾丸由于增生变大，如睾丸畸胎瘤。先天萎缩。
位置异常：睾丸融合，隐睾症，异位睾丸。睾丸、附睾附着异常。
二、输精管畸形
可分为先天性缺失、与输尿管相交通及重复输精管等多种情形。
如果不并发其他畸形，只是单纯性输精管缺如时，病人性欲和性功能均正常，唯一症状是不育。临床表现为无精症，但血清激素水平均正常，可经睾丸活组织检查证实。如有可能，可行手术治疗，将输精管残端与附睾进行吻合。
三、阴茎异常
可分为大小异常及位置异常。多与其他畸形同时出现。
四、阴囊异常：阴茎完全缺失，潜伏阴茎，先天性阴茎扭转，双阴茎，阴茎过大或过小，包茎，尿道上裂和下裂。
五、前列腺、精囊腺先天畸形：前列腺发育不全多与其他性器官发育不全合并存在，精囊腺缺如。
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