大多数卵泡囊肿并无症状，而在手术中或妇科检查时发现。由于囊肿无内分泌功能且卵巢仍含有足够的正常卵巢组织，因而多半无月经异常，但偶有部分病例有持续分泌雌激素功能而并发子宫内膜增生，出现月经过多等功能失调性子宫出血症状及不孕。由慢性卵巢炎症引起的多发的小型卵泡囊肿则可有月经过频等月经障碍表现。
囊肿较大时，患者可有病侧沉重、不适或隐痛感，亦可发生囊肿的蒂扭转而腹痛，个别较大囊肿甚至可自发破裂，引起腹腔内出血，与输卵管妊娠破裂相似。但一般当囊肿生长达一定程度即静止，自然吸收而消失。