结核性附睾炎是在光镜下早期病变可见附睾小管内含有脱落的上皮细胞。白细胞及大量的结核杆菌，继之出现小管坏死，形成肉芽肿、干酪样变及纤维化。偶可于附睾内见到精子肉芽肿。血行播散时，病变先位于附睾间质内，可见多个粟粒样微小的肉芽肿，然后侵犯附睾管。附睾内的干酪样变很快蔓延到附睾之外，与阴囊粘连，形成冷脓肿，经久不愈。
早期附睾结核药物治疗即可治愈。如果局部干痨样坏死严重，累及睾丸，病变较大并有脓肿形成或药物治疗效果不明显，则可行附睾切除。若睾丸有病变，病变靠近附睾，则可连同附睾将睾丸部分切除。术中应尽量保留睾丸。附睾切除后，精囊和前列腺结核多能逐渐愈合。