畸形精子症的原因有泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可影响精子的质量;使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟;生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变;阴囊局部长期高热、长期酗酒(特别是高浓度的烈性酒)，均可使精子发生畸变。畸形精子超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，治疗则比较困难。精液中有支原体感染时(精液培养)，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多。