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根据引起畸形精子的原因，消除不利因素(药物、放射线、高温、酒等)，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
有人在男性不育病人作精液培养，发现溶脲脲原体阳性者，高达85%。精液中有支原体时，精子活力降低，精子密度减少，畸形精子增多。用强力霉素，首剂200mg，后每日100mg，连服2周，可恢复生育。
中药可用“龙珠丸”治疗：龟板胶、鹿角胶、阿胶、紫河车、肉苁蓉、菟丝子、何首乌、丹参、坤草等制成固体颗粒，装入胶囊，每粒含生药2g，每次4粒，每日3次，连服30次为1疗程。治疗畸精子症40例，治愈28例，有效8例，总有效率90%。另外本方剂对少精子症有效率97%，弱精子症有效率99%，精子成活率低者95%。
夫妻间人工授精：用裴尔科密度梯度离心法，可分离出活动力Ⅲ、Ⅳ级，形态正常的精子达90% ，后行人工授精。
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